Thành cổ Shimabara được xây dựng lần đầu tiên vào đầu thời kì Edo (1600-1868). Pháo đài chính 5 tầng với những bức tường trắng sáng được cho là biểu tượng của chính quyền Mạc phủ trong vùng. Tòa thành khá đồ sộ và lớn hơn so với nhiều thành cổ cùng thời. Người dân địa phương bị đánh thuế nặng nề để phục vụ cho việc xây dựng thành; điều này đã gây ra sự phẫn nộ sục sôi đối với vị lãnh chúa mới Matsukura Shigemasa. Các chính sách kiên định chống đạo Tin lành của Matsukura trong một khu vực nổi tiếng với sự tôn sùng Công giáo cũng làm dấy lên sự giận dữ của dân chúng. Cả hai yếu tố trên dâng trào đến đỉnh điểm trong cuộc Khởi nghĩa Shimabara năm 1637-1638, khi đó những người nông dân đã dũng cảm đứng lên chống lại chính quyền lãnh chúa và cuối cùng bị đàn áp đẫm máu.
Rất nhiều hiện thực lịch sử và những hiện vật về cuộc Khởi nghĩa Shimabara cũng như việc xây dựng thành cổ (và việc tái xây dựng cuối cùng) được trưng bày trong một bảo tàng được quản lý tốt hiện giờ nằm trong pháo đài chính. Các bảng chỉ dẫn bằng tiếng Anh tuyệt vời nhằm mục đích giáo dục du khách về lịch sử phong kiến của bán đảo Shimabara, từ mối quan hệ với những người truyền giáo và những người theo đạo Tin lành lẩn trốn vào thời Edo cho đến sự sụp đổ cuối cùng khi thời Minh Trị Phục Hưng diễn ra. Áo giáp samurai, tiền giấy và lồng đèn trang trí các biểu tượng tôn sùng đạo Tin lành chỉ là một vài món đồ trong bộ sưu tập của bảo tàng.
Tầng trên cùng của pháo đài đem đến khung cảnh ngoạn mục theo mọi hướng, từ đỉnh núi lửa Unzen ở phía tây cho đến biển Ariake ở phía đông. Vào ngày ít mây, bạn thậm chí có thể nhìn thấy thành phố Kumamoto ở phía bên kia vịnh nước.
Khung cảnh pháo đài khá ấn tượng, vì vậy đừng bỏ lỡ chuyến tản bộ trong khuôn viên thành cổ. Pháo đài trắng lấp lánh được xây dựng lại vào những năm 1960 dựa trên các sơ đồ kiến trúc từ đầu thế kỉ đó. Một vài tòa nhà phụ trong thành cổ cũng được phục dựng, trong đó có tháp pháo phía tây. Thậm chí có một bảo tàng nhỏ bên trong khuôn viên chủ yếu trưng bày về trận phun trào núi lửa Unzen vào năm 1990-1995.
Vào mùa xuân và mùa hè, rất đáng để đi bộ phía ngoài thành cổ để ngắm hoa diên vĩ và hoa sen nở trong hào nước.
Có thể đi bộ đến thành cổ Shimabara từ phố samurai Teppo-machi, tại đây vẫn còn một số dinh thự thời Edo nằm trên một con đường yên tĩnh chưa lát đá.
