Bắt đầu từ ngày 1/7/2016, Hong Kong Airlines sẽ khai trương chuyến bay trực tiếp 2 chuyến trong ngày giữa Hồng Kông và sân bay Narita, Tokyo. Các chuyến bay bắt đầu ở Hồng Kông lúc 9 giờ 15 và 3 giờ 30 theo giờ Hồng Kông, và chuyến bay khứ hồi bắt đầu từ Narita lúc 9 giờ 30 và 3 giờ 55 theo giờ Nhật Bản.
Tuyến Tokyo mới sẽ được mở bởi máy bay Airbus A330, với khoang hạng thương gia 32 chỗ ngồi. Là một hãng cung cấp đầy đủ dịch vụ, hành khách có thể tận hưởng các tiện nghi với hơn 20kg hành lý ký gửi miễn phí.
Được bổ sung bởi các chuyến bay 2 chuyến trong ngày đến Okinawa, mở thêm các chuyến bay hàng ngày đến Okayama, dịch vị 5 chuyến hàng tuần đến Sappporo, dịch vụ 3 chuyến hàng tuần đến Kagoshima, các chuyến bay 2 chuyến hàng tuần đến Miyazaki và Kumamoto, Hồng Kông Airlines hoạt động tổng cộng 47 chuyến bay hàng tuần giữa Hồng Kông và Nhật Bản.
